科學是不斷發(fā)展的，板塊構造理論也并非無懈可擊的，理論的提出只不過僅僅幾十年的歷史，尚存在許多不能解決的問題，主要有：
板塊驅動機制問題
許多人主張板塊的驅動機制可能是地幔對流，認為地幔中由于溫度差或密度差的存在可引起物質的緩慢移動。熱的、輕的地幔物質上升，冷的、重的地幔物質下沉’構成對流環(huán)。軟流圈頂部的水平方向流動力拖曳剛性巖石圈隨之一起運動。這一解釋看起來十分精彩，但至今還沒有找到直接證據(jù)來證明這種對流的存在。這是因為地幔具有分層性，且其下部粘度很高，對流是很難實現(xiàn)的。美國地球物理學家克諾波夫經(jīng)過計算后指出，由于地幔粘滯性很大，形成穩(wěn)定對流（使質點在對流中完成一次循環(huán)）所必須的時間至少10億年，這個數(shù)字比板塊擴張速度小得多。另外，從東太平洋到西太平洋海溝的距離達數(shù)千公里，在如此大的距離上，溫度梯度不可能達到對流所需的值，地幔對流理論不能令人滿意。
關于海溝沉積物變形問題
洋殼在海溝向地幔俯沖時，應該把洋底的沉積物挾帶到俯沖帶，部分沉積物可形成褶皺并堆積在海溝底部。但現(xiàn)今海溝處不僅沉積物很少，而且沒有任何變形。
關于大洋中存在大陸地殼的問題
根據(jù)地球物理資料獲知，在一些大洋底部中某些島嶼是海底大陸，如新幾內亞東北部翁通爪畦，其莫霍面深達20～30km（大陸型地殼），被認為是一個未被沉沒的大陸。這些事實是海底擴張說、板塊構造說無法解釋的。
關于海底磁異常條帶問題
前蘇聯(lián)學者梅耶霍夫父子針對磁異常條帶的分布和解釋曾發(fā)表過富有刺激性和批評牲的評論。他們推定磁異常模式是虛假的。真實的情況是：磁異常形成一系列不規(guī)則的條帶，這些條帶由平行至準平行，有的甚至連準平行也不是。它們在許多地方與洋中_脊各分段相聯(lián)系。大的異常一般是在洋脊的中部，但通常是不連續(xù)的。兩側的異常條帶可能對稱，但在較多情況下是不對稱的；局部地方?jīng)]有異常條帶……；在少數(shù)地方，磁異常條帶并不與洋中脊相聯(lián)系，而是橫切深海丘陵或濁流沉積平原；在許多地方磁異常條帶直接深入大陸；等等。
諸如此類的還有轉換斷層的起因、洋底高原的成因、大陸板塊內部強烈變形的解釋及以中新生代地質事實為主要依據(jù)的板塊構造理論能否適用于整個地球演化過程問題等等，都是板塊構造理論難以解決或解釋的問題。但是，可以預言，隨著地球科學的不斷發(fā)展，板塊構造理論也將不斷地得到修正和發(fā)展。90年代興起的大陸動力學理論正試圖努力解決板塊構造在大陸地質研究中的合理應用和發(fā)展。
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